Dva dny po svatém Matěji, Léta Páně 1422: Bratr Žibřid s pomocníkem pohotově využívají neobvyklého lokálního přemnožení čížků lesních (Carduelis spinus) a v polní koloně destilují lihovinu zvanou čížkovice. Nápoj sice nevešel ve všeobecnou známost, ale tato památná událost přežila do dnešních dní alespoň v názvu nedaleko se nacházející obce.
Ves Čížkovice se uvádí poprvé r. 1276, kdy její menší část držel vladyka Čáslav. R. 1318 zde bylo několik drobných šlechtických statků, na nichž sídlili vladykové Vojta, Mikuláš a Kubata, k r. 1341 je znám Martin a r. 1363 Prokop a Jan z Malhostic. Druhá, větší část vsi byla až do husitských válek majetkem kláštera sv. Jiří v Praze. Na menším dílu vsi vznikla v blíže neznámé době tvrz, zvaná později horní, která se uvádí poprvé v r. 1389, kdy ji získal Kunata Kaplíř ze Sulevic. Jeho syn Jan získal jako zástavu v r. 1424 blízký hrad Košťálov, kam pak přesídlil. R. 1436 mu zastavil císař Zikmund i druhou, dosud klášterní část vsi.
Horní tvrz byla po přesídlení Kaplířů na hrad Košťálov opuštěna, ale od r. 1529 sloužila opět jako sídlo Albrechta Kaplíře ze Sulevic a patrně tehdy byla i přestavěna. Po Albrechtově smrti držel celé Čížkovice jeho bratr Felix, po něm od r. 1576 sídlili na horní tvrzi jeho synové Jan a Albrecht. Mezi l. 1598-1600 získal horní tvrz jejich třetí bratr Jaroslav a držel tak opět celou ves. Jeho synu Adamu byly Čížkovice konfiskovány v r. 1623 za účast na stavovském povstání v l. 1618-1620. Získal je Volf Ilburk z Vřesovic, který horní tvrz přeměnil na tzv. Panskou nebo Starou hospodu, jejíž sklepy, dnes již zasypané, byly snad ještě pozůstatkem bývalé tvrze. Jinak se z ní nic nezachovalo. Dnes stojí na jejím místě obytné stavení č.p. 110.
Větší část Čížkovic patřila až do husitských válek klášteru sv. Jiří v Praze, jenž držel i blízké Třebenice. Císař Zikmund zastavil r. 1436 tuto část vsi Janovi Kaplíři ze Sulevic a na Košťálově, který již držel menší část vsi, kde byla i horní tvrz. Když v r. 1486 došlo k dělení majetku košťálovských Kaplířů mezi syny Buška Kaplíře ze Sulevic, dostal Čížkovice s několika vesnicemi Jan Kaplíř ze Sulevic. R. 1529 byly Čížkovice rozděleny mezi jeho syny Albrechta a Felixe. Albrecht obdržel starou, horní tvrz, Felix si vystavěl v dolní části vsi, Na Lavičkách, renesanční tzv. dolní tvrz. Felix se však stal po Albrechtově smrti r. 1554 držitelem celých Čížkovic. V r. 1623 byla Adamu Kaplířovi polovina jeho majetku pro účast na protihabsburském povstání zkonfiskována. Téhož roku koupil statek Čížkovice císařský rada Volf Ilburk z Vřesovic, který jej postoupil Marii Magdaleně rozené z Lobkovic, manželce Jana Rudolfa Trčky z Lípy. Po její smrti odkázal Jan Rudolf Trčka Čížkovice nejvyššímu purkrabímu Adamu z Valdštejna. R. 1638 koupila Čížkovice spolu se statky Borčí a Košťálovem do dědičného vlastnictví za 83 578 zlatých rýnských Anežka rozená z Eberštejna, vdova po plukovníku Jiřím Valdemarovi z Varrensbachu, znovu provdaná za plukovníka Wernera z Palantu. Při švédském vpádu r. 1639 byly celé Čížkovice vypáleny a zpustošeny. Po smrti Anežky z Palantu r. 1655 převzal Čížkovice její syn z prvního manželství Gustav Adolf z Varrensbachu.
Nový majitel se rozhodl zpustlou čížkovickou dolní tvrz přestavět na barokní zámek. K přestavbě došlo patrně v l. 1658-1665 a je první samostatným dílem Giulia Broggia, který v této době přišel na Litoměřicko a r. 1658 se v Čížkovicích oženil a pak zde bydlel. Byla to zřejmě trojkřídlá jednopatrová barokní stavba s mírně vystupujícím rizalitem, v němž je hlavní portál v pilastrové edikule s rozeklanou římsou. V přízemí se zachovaly ještě původní valené barokní klenby s lunetami. Bývalý hlavní sál a další místnosti mají jednak raně barokní štukovou výzdobu stropu a jednak výzdobu pocházející z 19. stol. V zámku se zachovaly i zbytky tvrze - východní armované nároží příjezdové a severní strany.
Po smrti Gustava Adolfa z Varrensbachu prodaly děti jeho druhé manželky Čížkovice r. 1692 klášteru sv. Jiří v Praze, a tak se opět vrátily svému nejstaršímu držiteli. Zdejší zámek se stal letním sídlem abatyší, a byl proto upraven. Za zámkem vznikl v 18. stol. park s kaplí, která v 19. stol. zanikla, obklopený vysokou zdí, na níž byly umístěny rokokové vázy.
Po sekularizaci kláštera sv. Jiří r. 1782 připadly Čížkovice náboženskému fondu a r. 1819 byly ve veřejné dražbě prodány za 20 600 zlatých Josefu Glaserfeldovi. Po r. 1819 byl zámek podstatně upraven. Byla přistavěna dvě postranní křídla, obklopující úzký dvůr, a zasypány a částečně překlenuty příkopy, které do této doby obklopovaly zámek. Poté se zde až do r. 1945 střídali další majitelé. Po r. 1945 byl čížkovický velkostatek zkonfiskován a do zámku byli dočasně umístěni jako rekonvalescenti političtí vězňové, propuštění z koncentračního tábora v Terezíně. Po několika dalších držitelích byl zámek předán do správy ONV v Litoměřicích pro domov důchodců. Zámek byl dále upravován, takže jeho původní barokní vzhled téměř zanikl.
Kostel je v místě poprvé zmiňován v roce 1360. Na místě starého kostela byl pak v letech 1675-1677 zbudován kostel sv. Jakuba stavitelem Giuliem Broggiem. U kostela se nachází kamenná barokní zvonice a také sochy sv. Václava, sv. Antonína Paduánského, sv. Josefa a sv. Judy Tadeáše z 18. století.
Židovský hřbitov v Čížkovicích leží 500 m severně od vsi na kraji pole v místní části zvané „Na Svobodě“ (na místě, kde kdysi stával tzv. cihelní výčep, „Ziegelschenke“). Svoji rozlohou (539 m²) patří k nejmenším židovským hřbitovům v České republice. Byl založen údajně roku 1800 (pozemek měl Židům darovat majitel panství v Čížkovicích pokřtěný Žid Glaser z České Lípy). Pohřbívali se tu Židé z okolí Třebenic, Milešova (kde byla židovská obec s modlitebnou) a Terezína (včetně vojáků z terezínské posádky). Na hřbitově se nachází cca 50 náhrobků, téměř všechny jsou v torzálním stavu. Nejstarší náhrobky pocházejí z I. poloviny 19. století, nápisy na náhrobcích v němčině a hebrejštině.
